La Casa Editrice Ape nasce nel 1999 fondata da Andrea Pestalozza con l'obiettivo di specializzarsi nella pubblicazione di libri per l'età pre-scolare e albi illustrati. Dopo pochi mesi arriva il primo successo editoriale, Kirikù e la strega Karabà, tratto dall'omonimo film, che consente ad Ape di ritagliarsi una nicchia nell'editoria di qualità. La produzione prosegue ad un ritmo di circa 40 novità all'anno e si posiziona su una fascia di prezzo medio/alta con la costante ricerca della migliore qualità editoriale. Nel 2002 viene pubblicata la fortunata collana Piccoli Filosofi e nel 2003 la collana di narrativa Zig Zag, con autori prevalentemente francesi.

Il peso maggiore rimane però sui libri per la prima infanzia (libri gioco, cartonati) e gli albi illustrati, vocazione iniziale di Ape e segmento nel quale la Casa Editrice viene maggiormente apprezzata.

Nel 2005 il marchio Ape Junior viene acquistato da Adriano Salani Editore, ed entra quindi a fare parte del Gruppo Editoriale Mauri Spagnol (GeMS). Vengono abbandonate le collane di narrativa e la produzione si concentra sempre più sulla fascia pre-scolare con l'obiettivo di diventare un punto di riferimento nel panorama editoriale italiano in questo segmento di mercato.

Nel 2007 vengono pubblicate le prime collane interamente concepite in Italia, che affiancano la produzione tradizionale Ape di autori e illustratori stranieri.